Falls durch eine Umstellung der Lebensgewohnheiten keine Besserung der Symptome erreicht wird, kann eine medikamentöse Behandlung empfohlen werden.
Medikamentöse Maßnahmen versuchen im Allgemeinen die schädigende Säure des Mageninhalts auszuschalten. Sie wirken also durch eine Veränderung der Inhaltsstoffe im Magensaft.
Anders als diese Therapiesysteme haben Alginate wie Gaviscon eine physikalische, nicht-systemische Wirkweise. Sie reagieren mit der Magensäure und bilden eine stabile, zähflüssiges Schutzschicht, die wie eine mechanische Barriere den Rückfluss des Mageninhalts in die Speiseröhre hindert. Da die Wirkweise von Alginaten physikalisch ist, helfen sie fast unmittelbar und beeinträchtigen nicht die Physiologie des Magens. Durch diese Wirkweise beeinträchtigen Alginate das natürliche Gleichgewicht des Magens unter der Schutzschicht nicht. Weitere Unterschiede zu anderen Therapiesystemen sind, dass das Alginat selber nicht vom Körper aufgenommen wird und keinerlei Wechselwirkungen mit anderen Medikamenten bekannt sind. Daher sind sie auch für empfindlichere Patienten, z.B. Schwangere, geeignet. Ihre spezielle Wirkung besteht darin, dass sie alle aggressiven Komponenten im Magen zurückhalten, wo diese ihre normale Funktion weiter erfüllen.